Données


 

Stratégie de l'observatoire en matiere de données :

L’OTHU s'investit depuis plus de 20 ans sur de l'acquisition de données intensives, fiables, multidisciplinaires et pérennes dans le temps.

A titre d'information, plus de 50 millions de données brutes avec les capteurs uniques, doublés ou  triplés (pour permettre la validation) ont été acquises au sein de l'OTHU en moins de 4 ans (2009-2012). Plus 10 millions de données brutes sont acquises et validées annuellement depuis 2011.

Depuis 2001, une réflexion approfondie a été menée sur les moyens à mettre en œuvre pour assurer la qualité des données ainsi que leur gestion. Cette réflexion a été conduite en relation avec la Communauté urbaine de Lyon qui travaillait dans le même temps sur le développement de la base VIGILANCE, destinée à l'archivage des données produites pour le dispositif d'autosurveillance.

Les modalités de mise à disposition des données produites sont définies par la convention de création de la fédération d’équipes de recherche OTHU. Les données comme les équipes sont nombreuses ainsi leur gestion , leur partage et leur valorisation est progressive.
Or ces tâches sont plus que jamais indispensables.

En matière de données, l'othu s'est concentré au cours des 4 dernières années sur plusieurs points :

  • Sur la validation des données en continu - developpement d'une methodologie de validation et d'archivage des données ;
  • Sur la mise en place d’un outil de recensement de metadonnées
  • Sur une stratégie de partage et valorisation des données acquises - partage entre equipes de l'observatoire, entre observatoires et mise en place de convention d'echanges de données avec d'autres partenaires scientifiques ;

L'othu se concentre actuellement sur la professionalisation de sa gestion des données , la realisation de son catalogue de metadonnées et l'intégration de ces métadonnées dans les Big data de la métropole de Lyon.

En 2019, l'outil de saisie des métadonnées créé en 2013 a été revu et amélioré en travaillant de concert avec la DINSI de la Métropole de Lyon afin de créer directement la base de métadonnées OTHU dans le bigdata de la métropole.

Le catalogue de métadonnées de l'observatoire est maintenant disponible en ligne :

meta

REMARQUES : Depuis son lancement en 1999, l‘OTHU œuvre pour que les données expérimentales acquises au sein de l'observatoire soient communiquées à d'autres équipes de recherche à l'échelle nationale et internationale. La principale condition est qu'une collaboration/ un protocole d'entente soit établie entre l‘OTHU et l'autre partenaire de recherche. Un modéle de convention type a donc eté etablit pour batir ces collaborations, n'hésitez pas à nous contacter (Laëtitia BACOT - Graie - EMAIL ) pour discuter sur ces possibilités d'échanges.

 

INFOGRAPHIE : Quelques chiffres obtenus grace à notre catalogue de metadonnées 2013-2017

 meta17

Un exemple illustratif de données acquises en entrée du bassin de retention de Chassieu "Django reinhardt"

cha17

Moyenne : Volume mesuré moyen par mois sur 2018 en entrée = 44 082 m3 &
Quantité de pluie moyenne / mois sur l'année 2018 sur l'ouvrage = 67,29 mm

chassmoy

 

Pour plus d'information :

- Lien sur le catalogue de métadonnées 2018 OTHU

-Lien sur le catalogue des métadonnées 2017 OTHU
-Lien sur le catalogue des métadonnées 2016 OTHU
-Lien sur le catalogue des metadonnées 2015 OTHU

metadonneeOTHU metaothu2016 metaothu17 othu2018

- CHRONOTHU : Etude de l'évolution et de la variabilité des quantités et de la qualité des eaux urbaines en temps de pluie sur la dernière décennie – Capitalisation des chroniques de l'OTHU

Tendance en termes d’évolution à long terme de variables caractérisant la quantité et la qualité des eaux transitant dans le milieu urbain. Il est basé presqu’exclusivement sur les données collectées et mesurées dans l’OTHU sur deux sites principaux : Chassieu, Ecully et un troisième de manière plus anecdotique (Yzeron – La Léchère).

Novembre 2015

chronothu

EXEMPLE DE DONNEES DISPONIBLES et TELECHARGEABLES

- Les données acquises OTHU par IRSTEA RiverLy (hydrologiques et biogéochimiques) sont disponibles sur la base de données en ligne d’Irstea (https://bdoh.irstea.fr), et téléchargeables par les partenaires OTHU après la création d’un compte utilisateur à la demande.

- LEM- BPOE Vetagro Sup /UCBL - Exemple de données acquises en terme de Microbiologie

Microbiology of urban waters: Meta-DNA barcoding approaches have been developped over the years at the OTHU in order to investigate transfers of microbial contaminants from the city down to aquifers and other natural and sensitive water systems e. g. intermittent streams. These methodologies have been based on the use of universal genetic markers such as the 16S rRNA gene but also required the development of novel bacterial genetic markers in order to increase the resolution of the taxonomic inferences. 

Below, you will find a link allowing a download of the tpm database which was build-up to improve the tracking of runoff bacterial species and aquifer bacterial specialists. This database was build-up according to the pioneering work published by Favre‐Bonté, S., Ranjard, L., Colinon, C., Prigent‐Combaret, C., Nazaret, S., Cournoyer, B., 2005. Freshwater selenium-methylating bacterial thiopurine methyltransferases: diversity and molecular phylogeny. Environmental Microbiology 7, 153–164. https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2004.00670.x. This database was first applied on OTHU sites during the ANR Cabrres research programme (e. g. Marti, R., Bécouze-Lareure, C., Ribun, S., Marjolet, L., Bernardin, C.S., Aubin, J.B., Lipeme, G.K., Wiest, L., Blaha, D., Cournoyer, B. 2017. Bacteriome genetic structures of urban deposits are indicative of their origin and impacted by chemical pollutants. Sci Rep 7, 13219–13219. https://doi.org/10.1038/s41598-017-13594-8). 

The tpm database files are available here: Link1 and Link2

To cite this database : Colin, Y., L. Marjolet, R. Bouchali, S. Ribun, E. Bourgeois, R. Marti, B. Cournoyer. 2019. Reference non-redundant tpm gene sequences and their taxonomic allocations for a use with the MOTHUR bio-informatic suite and similar packages. Version BD_TPM_Mar18, http://www.graie.org/othu/, FED4161 OTHU (Villeurbanne, France).

- Microbiologie des eaux urbaines: Des méthodes méta-barcodes ADN ont été développées au fil des ans au sein de l'OTHU afin d'étudier les transferts de contaminants microbiens de la ville vers les aquifères et autres systèmes aquatiques naturels et sensibles e. g. cours d'eau intermittents. Ces méthodologies reposent sur l'utilisation de marqueurs génétiques universels tels que le gène de l'ARNr 16S, mais ont également nécessité le développement de nouveaux marqueurs génétiques bactériens afin d'accroître la résolution des inférences taxonomiques.

Vous trouverez ci-dessous un lien permettant de télécharger la base de données tpm qui a été développée pour améliorer le suivi des espèces bactériennes des eaux de ruissellement mais également de formes spécialisées aux conditions de vie prévalant dans les aquifères. Cette base de données a été construite conformément au travail pionnier publié par Favre-Bonté, S., L. Ranjard, C., Colinon, C., Prigent-Combaret, C., S. Nazaret et B. Cournoyer, 2005. Freshwater selenium-methylating bacterial thiopurine methyltransferases: diversity and molecular phylogeny. Environmental Microbiology 7, 153–164. https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2004.00670.x. Cette base de données a été appliquée pour la première fois sur des sites OTHU dans le cadre du programme de recherche ANR Cabrres (e. g. Marti, R., Bécouze-Lareure, C., Ribun, S., Marjolet, L., Bernardin, C.S., Aubin, J.B., Lipeme, G.K., Wiest, L., Blaha, D., Cournoyer, B. 2017. Bacteriome genetic structures of urban deposits are indicative of their origin and impacted by chemical pollutants. Sci Rep 7, 13219–13219. Https://doi.org/ 10.1038 / s41598-017-13594-8).

Les fichiers de la base de données tpm sont disponibles ici: Lien 1 et Lien 2

Citation : Colin, Y., L. Marjolet, R. Bouchali, S. Ribun, E. Bourgeois, R. Marti, B. Cournoyer. 2019. Reference non-redundant tpm gene sequences and their taxonomic allocations for a use with the MOTHUR bio-informatic suite and similar packages. Version BD_TPM_Mar18, http://www.graie.org/othu/, FED4161 OTHU (Villeurbanne, France).

 

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CONTACT " Données" OTHU : Nicolas WALCKER - Responsable Technique OTHU et gestion des données OTHU- INSA Lyon DEEP
EMAIL -
Pour toutes autres informations OTHU : EMAIL

 

 

 

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