| |
Stratégie de l'observatoire en matiere de
données :
L’OTHU s'investit depuis plus de 20 ans sur de l'acquisition de
données intensives, fiables, multidisciplinaires et pérennes
dans le temps.
A titre d'information, plus de 50 millions de données
brutes avec les capteurs uniques, doublés ou triplés
(pour permettre la validation) ont été acquises au
sein de l'OTHU en moins de 4 ans (2009-2012). Plus 10 millions
de données brutes sont acquises et validées annuellement depuis
2011.
Depuis 2001, une réflexion approfondie a été menée sur les
moyens à mettre en œuvre pour assurer la qualité des données
ainsi que leur gestion. Cette réflexion a été conduite en
relation avec la Communauté urbaine de Lyon qui travaillait dans
le même temps sur le développement de la base VIGILANCE,
destinée à l'archivage des données produites pour le dispositif
d'autosurveillance.
Les modalités de mise à disposition des données produites sont
définies par la convention de création de la fédération
d’équipes de recherche OTHU. Les données comme les équipes sont
nombreuses ainsi leur gestion , leur partage et leur
capitalisation est progressive.
Or ces tâches sont plus que jamais indispensables.
En matière de données, l'othu s'est ainsi principalement concentré au cours des 4
dernières années sur plusieurs points :
- Sur la validation des données en continu - developpement
d'une methodologie de validation et d'archivage des
données ;
- Sur la mise en place d’un outil de recensement de
métadonnées
- Sur une stratégie de partage et capitalisation des données
acquises - partage entre equipes de l'observatoire, entre
observatoires et mise en place de convention d'echanges de
données avec d'autres partenaires scientifiques ;
L'othu reflechit activement depuis 2019 sur la professionalisation de
sa gestion des données , la realisation de son catalogue de
metadonnées et l'intégration de ces métadonnées dans les Big data de la métropole de Lyon.
En 2019, l'outil de saisie des métadonnées créé en 2013 a été revu et amélioré en travaillant de concert avec la DINSI de la Métropole de Lyon afin de créer directement la base de métadonnées OTHU dans le bigdata de la métropole.
Le catalogue de métadonnées de l'observatoire
Cette base de métadonnées réference les données produitent par l'observatoire et devrait à terme permettre par des liens externes sur une base de données et des repertoires de données donner accés à l'ensemble des données OTHU.
Pour l'instant en 2020, cette base de metadonnées est principalement une base de recensement des données et l'accés aux données en elles même n'est pas encore possible en ligne pour toutes données présentées. L'accés aux données peut tout de même, se faire par contact aupres des producteurs de données ou de Nicolas WALCKER - Responsable Technique OTHU et gestion des données
OTHU- INSA Lyon DEEP EMAIL -
REMARQUES : Depuis son lancement en 1999, l‘OTHU œuvre pour que les données expérimentales acquises au sein de l'observatoire soient communiquées à d'autres équipes de recherche à l'échelle nationale et internationale. La principale condition est qu'une collaboration/ un protocole d'entente soit établie entre l‘OTHU et l'autre partenaire de recherche. Un modéle de convention type a donc eté etablit pour batir ces collaborations, n'hésitez pas à nous contacter (Laëtitia BACOT - Graie - EMAIL ) pour discuter sur ces possibilités d'échanges.
Infographie :
Quelques
chiffres obtenus grace à notre catalogue de metadonnées
2013-2017
Un exemple illustratif de données acquises en entrée du bassin de retention de Chassieu
"Django reinhardt"
Moyenne : Volume mesuré moyen par mois sur 2018 en entrée = 44 082 m3 &
Quantité de pluie moyenne / mois sur l'année 2018 sur l'ouvrage = 67,29 mm
Pour plus d'information :
EXEMPLE DE DONNEES DISPONIBLES et TELECHARGEABLES
- Les données acquises OTHU par IRSTEA RiverLy (hydrologiques et biogéochimiques) sont disponibles sur la base de données en ligne d’Irstea (https://bdoh.irstea.fr), et téléchargeables par les partenaires OTHU après la création d’un compte utilisateur à la demande.
- LEM- BPOE Vetagro Sup /UCBL - Exemple de données acquises en terme de Microbiologie
- Microbiology of urban waters: Meta-DNA barcoding approaches have been developped over the years at the OTHU in order to investigate transfers of microbial contaminants from the city down to aquifers and other natural and sensitive water systems e. g. intermittent streams. These methodologies have been based on the use of universal genetic markers such as the 16S rRNA gene but also required the development of novel bacterial genetic markers in order to increase the resolution of the taxonomic inferences.
Below, you will find a link allowing a download of the tpm database which was build-up to improve the tracking of runoff bacterial species and aquifer bacterial specialists. This database was build-up according to the pioneering work published by Favre‐Bonté, S., Ranjard, L., Colinon, C., Prigent‐Combaret, C., Nazaret, S., Cournoyer, B., 2005. Freshwater selenium-methylating bacterial thiopurine methyltransferases: diversity and molecular phylogeny. Environmental Microbiology 7, 153–164. https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2004.00670.x. This database was first applied on OTHU sites during the ANR Cabrres research programme (e. g. Marti, R., Bécouze-Lareure, C., Ribun, S., Marjolet, L., Bernardin, C.S., Aubin, J.B., Lipeme, G.K., Wiest, L., Blaha, D., Cournoyer, B. 2017. Bacteriome genetic structures of urban deposits are indicative of their origin and impacted by chemical pollutants. Sci Rep 7, 13219–13219. https://doi.org/10.1038/s41598-017-13594-8).
The tpm database files are available here: Link1 and Link2
To cite this database : Colin, Y., L. Marjolet, R. Bouchali, S. Ribun, E. Bourgeois, R. Marti, B. Cournoyer. 2019. Reference non-redundant tpm gene sequences and their taxonomic allocations for a use with the MOTHUR bio-informatic suite and similar packages. Version BD_TPM_Mar18, http://www.graie.org/othu/, FED4161 OTHU (Villeurbanne, France).
- Microbiologie des eaux urbaines: Des méthodes méta-barcodes ADN ont été développées au fil des ans au sein de l'OTHU afin d'étudier les transferts de contaminants microbiens de la ville vers les aquifères et autres systèmes aquatiques naturels et sensibles e. g. cours d'eau intermittents. Ces méthodologies reposent sur l'utilisation de marqueurs génétiques universels tels que le gène de l'ARNr 16S, mais ont également nécessité le développement de nouveaux marqueurs génétiques bactériens afin d'accroître la résolution des inférences taxonomiques.
Vous trouverez ci-dessous un lien permettant de télécharger la base de données tpm qui a été développée pour améliorer le suivi des espèces bactériennes des eaux de ruissellement mais également de formes spécialisées aux conditions de vie prévalant dans les aquifères. Cette base de données a été construite conformément au travail pionnier publié par Favre-Bonté, S., L. Ranjard, C., Colinon, C., Prigent-Combaret, C., S. Nazaret et B. Cournoyer, 2005. Freshwater selenium-methylating bacterial thiopurine methyltransferases: diversity and molecular phylogeny. Environmental Microbiology 7, 153–164. https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2004.00670.x. Cette base de données a été appliquée pour la première fois sur des sites OTHU dans le cadre du programme de recherche ANR Cabrres (e. g. Marti, R., Bécouze-Lareure, C., Ribun, S., Marjolet, L., Bernardin, C.S., Aubin, J.B., Lipeme, G.K., Wiest, L., Blaha, D., Cournoyer, B. 2017. Bacteriome genetic structures of urban deposits are indicative of their origin and impacted by chemical pollutants. Sci Rep 7, 13219–13219. Https://doi.org/ 10.1038 / s41598-017-13594-8).
Les fichiers de la base de données tpm sont disponibles ici: Lien 1 et Lien 2
Citation : Colin, Y., L. Marjolet, R. Bouchali, S. Ribun, E. Bourgeois, R. Marti, B. Cournoyer. 2019. Reference non-redundant tpm gene sequences and their taxonomic allocations for a use with the MOTHUR bio-informatic suite and similar packages. Version BD_TPM_Mar18, http://www.graie.org/othu/, FED4161 OTHU (Villeurbanne, France).
---
CONTACT " Données" OTHU : Nicolas WALCKER - Responsable Technique OTHU et gestion des données
OTHU- INSA Lyon DEEP
EMAIL -
Pour toutes autres informations OTHU : EMAIL
|
